#!/bin/bash s='>seq1 --A--CGT-A-- >seq2 -GA-T-A-CC--' echo "---" sed 's/^-*\|-*$//g' <<< "$s" echo "---" sed -E 's/^-*|-*$//g' <<< "$s" echo "---" sed -E 's/^-+|-+$//g' <<< "$s"
Standard input is empty
--- >seq1 A--CGT-A >seq2 GA-T-A-CC --- >seq1 A--CGT-A >seq2 GA-T-A-CC --- >seq1 A--CGT-A >seq2 GA-T-A-CC