import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;
import java.util.HashMap;
 
public class Main
{
   static void processString(String line)
   {
      Pattern p = Pattern.compile("(1\\%?|2|3|4)"); // 5 Вариантов паттернов для теста
      Matcher m = p.matcher(line);          // Естественно в реальной задаче намного больше
 
      HashMap<String, String> map = new HashMap<>();
 
      int i = 0;
      while (m.find()) {
      	// Здесь я ожидаю 5 итераций для каждого вхождения 1, 1%, 2, 3, 4 и замены их на ААА1, ААА1%, ААА2 и т.д.
      	i++;
         System.out.println("Нужно заменить " + m.group() + " на AAA" + i);
         // Добавить $1 в хэшмап
         // map.put(?)
         line = m.replaceAll("AAA$1");
      }
 
      System.out.println("\n\n" + line);
   }
 
   public static void main(String[] args)
   {
      processString(" 1  2  3  4  4  2  1%  1%  1  2  3 ");
   }
}

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