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  1. from collections import Counter
  2.  
  3.  
  4. # Não faz verificação final
  5. def contacodon_sem_verificacao(seq):
  6.     stops = ["TAA", "TAG", "TGA"]
  7.     count = Counter()
  8.     for i in range(seq.find('ATG'), len(seq) + 1, 3):
  9.         codon = seq[i: i + 3]
  10.         count.update([codon])
  11.         if codon in stops:
  12.             break
  13.     return dict(count)
  14.  
  15.  
  16. # Faz verificação final
  17. def contacodon_com_verificacao(seq):
  18.     stops = ["TAA", "TAG", "TGA"]
  19.     count = Counter()
  20.     for i in range(seq.find('ATG'), len(seq) + 1, 3):
  21.         codon = seq[i: i + 3]
  22.         count.update([codon])
  23.         if codon in stops:
  24.             break
  25.         if len(codon) != 3:
  26.             # Retorna um dicionário vazio, uma outra opção seria lançar um erro.
  27.             return {}
  28.     return dict(count)
  29.  
  30.  
  31. # Repare que não tem códon de finalização e o último grupo tem apenas 2 caracteres.
  32. seq = "GCGATCGAGATGAGCATCGCATCGCGGACTACCGCGCGCGCGCGCGGGAG"
  33.  
  34. print("Sem verificação:", contacodon_sem_verificacao(seq))
  35. print("Com verificação", contacodon_com_verificacao(seq))
  36.  
Success #stdin #stdout 0.02s 9096KB
comments ()
stdin
copy 
Standard input is empty
stdout
copy 
Sem verificação: {'ATG': 1, 'AGC': 1, 'ATC': 1, 'GCA': 1, 'TCG': 1, 'CGG': 1, 'ACT': 1, 'ACC': 1, 'GCG': 2, 'CGC': 2, 'GGG': 1, 'AG': 1}
Com verificação {}
https://ideone.com/CUeVPo
https://pt.stackoverflow.com/q/513466/69296
language:
Python 3 (python  3.12)
created:
3 years ago
visibility:
secret

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