<?php
//Capturar texto entre comillas dentro de etiqueta
// https://es.stackoverflow.com/q/114079/127
 
$texto = 'codigo cualquiera 1
 
[begin]
 
 "hola" <--- match a este
 
 123
 
 hola "hola" <-- math a este otro
 
 "chau!"
 
[end]
[otro]
 
  "hola" <--- a este no
 
[otro]';
 
 
 
//Aplicar el regex
$regex = '/(?:\G(?!\A)|\[begin])[^["]*(?:\[(?!end])[^["]*)*"([^"]*)"/';
preg_match_all($regex, $texto, $resultado);
 
//Imprimir resultados del primer grupo, que es un array dentro de $resultado[1]
echo join("\n", $resultado[1]);

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