import re
texto = "# 44,739 % of all cache refs 12,345 lorem ipsum # 98,736 % etc 45,678 blablbla"
exp = r'# (\d+,\d+) %'

from timeit import timeit

# executa 1 milhão de vezes cada teste
params = { 'number' : 1000000, 'globals': globals() }

# usando a expressão compilada
print(timeit('r.findall(texto)', setup='r = re.compile(exp)', **params))
# não usando a expressão compilada
print(timeit('re.findall(exp, texto)', **params))