<?php

$numbers = [[1,2],[3,4]];

// Меняем местами по ключу
foreach ($numbers as $key => $number){
   $numbers[$key] = array_reverse($number);
}

print_r($numbers);

// Меняем местами по ссылке
foreach ($numbers as &$number){
   $number = array_reverse($number);
}

print_r($numbers);