lista = ['a', 'b', 'c']  

item = 'a'  
outro_item = 'b' 

# aqui estou tentando fazer lista[0,1]=lista[1,0] com indexof diretamente:
lista[lista.index(item)],lista[lista.index(outro_item)]= lista[lista.index(outro_item)],lista[lista.index(item)]

# não trocou!
print(lista[0]) # a
print(lista[1]) # b 
print(lista[2]) # c