<?php

$original = array(
	array(
		"pei_seq" =>  "0",
      	"prg_cod_barra" =>  "7899619704729" ,
      	"pei_prg_cod" =>  "483",
      	"pei_valor" =>  "42.00" ,
      	"pei_quantidade" =>  "1"
    ),
	array(
		"pei_seq" =>  "0",
      	"prg_cod_barra" =>  "7899619704729" ,
      	"pei_prg_cod" =>  "483",
      	"pei_valor" =>  "42.00" ,
      	"pei_quantidade" =>  "1"
    ),
	array(
		"pei_seq" =>  "0",
      	"prg_cod_barra" =>  "7899619704729" ,
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      	"pei_valor" =>  "42.00" ,
      	"pei_quantidade" =>  "1"
    ),
	array(
		"pei_seq" =>  "0",
      	"prg_cod_barra" =>  "7899619704729" ,
      	"pei_prg_cod" =>  "483",
      	"pei_valor" =>  "42.00" ,
      	"pei_quantidade" =>  "1"
	)
);

$nova = [];
foreach ($original as $arr) { // itera a array original
    $prg_cod_barra = $arr['prg_cod_barra'];
    $existe = false;
	
    foreach ($nova as &$subArr) { // iterar a array nova à procura de igual
       // se houver igualdade 
       if ($prg_cod_barra == $subArr['prg_cod_barra']){
          $valorAntigo = intval($subArr['pei_quantidade'], 10);
          $novoValor = intval($arr['pei_quantidade'], 10);
          $existe = strval($valorAntigo + $novoValor); // inserir o novo numero
          $subArr['pei_quantidade'] = $existe;
       }
    }
    if (!$existe) $nova[] = $arr;
}

var_dump($nova);