<?php

$precios = array (

    "frutas" => array (

"manzanas" => 15,
"peras" => 5,
"naranjas" => 3,
),

"verduras" => array (
  "clave" => 15,
  "clave2" => 5,
  "clave3" => 3,
)

);

var_dump($precios);

// Los precios de frutas suben 5%

$tmp = array();

foreach ($precios['frutas'] as $clave => $valor) {
  $tmp[$clave]=ceil($valor*(1+0.05));
//  $precios['frutas'][$clave]=ceil($valor*(1+0.05));
}


$precios=array_replace($precios,array('frutas'=>$tmp));

$tmp = array();
// los precios de las verduras suben un 3%
foreach ($precios['verduras'] as $clave => $valor) {
  $tmp[$clave]=ceil($valor*(1+0.03));
 // $precios['verduras'][$clave]=ceil($valor*(1+0.03));
}
$precios=array_replace($precios,array('verduras'=>$tmp));


var_dump($precios);

?>