<?php

$dupArray = array(0 => array(
        "Advertencia" => array(
                "id" => "",
                "tipo_punicao" => "CA",
                "suspensao_data_inicio" => "", 
                "funcionario_matricula" => "", 
                "advertente_matricula" =>  "", 
                "recebedor_RH_matricula" => "" 
        ),

        "Funcionario" => array(
                "id" => 25,
                "matricula" => 5444,
                "nome" => "ANDRE",
                "quantidade" => "",
        )
    ),

                     1 => array(
        "Advertencia" => array(
                "id" => "",
                "tipo_punicao" => "A",
                "suspensao_data_inicio" => "",
                "funcionario_matricula" => "",
                "advertente_matricula" => "",
                "recebedor_RH_matricula" => ""
        ),

        "Funcionario" => array(
                "id" => 20,
                "matricula" => 5555,
                "nome" => "JOAO", 
                "quantidade" => ""
            )
    ),

                     2 => array(
        "Advertencia" => array(
                "id" => "",
                "tipo_punicao" => "RC",
                "suspensao_data_inicio" => "",
                "funcionario_matricula" => "",
                "advertente_matricula" => "",
                "recebedor_RH_matricula" => ""
            ),

        "Funcionario" => array(
                "id" => 20,
                "matricula" => 5555,
                "nome" => "JOAO",
                "quantidade" => ""
            )
    )
);

function in_array_recursive($agulha, $palheiro) {
    foreach ($palheiro as $item) {
        if (($item == $agulha) || (is_array($item) && in_array_recursive($agulha, $item)))
            return true;
    }
    return false;
}

function uniqueArray($raiz){
	$unique = [];
	foreach ($raiz as $nodo => $nodos){
		foreach ($nodos as $item => $items){
			foreach ($items as $chave => $valor){
				if (!in_array_recursive($valor, $unique) or empty($valor)){
					$unique[$nodo][$item][$chave] = $valor;
				} else {
					unset($unique[$nodo]);
					break 3;
				}	
			}
		}
	}
	return $unique;
}

$unique = uniqueArray($dupArray);
echo "<pre>". print_r($unique, 1). "<pre>";

?>