<?php
	$estoque = Array (
	    'produto.1' => 2,
	    'produto.2' => 5,
	    'produto.3' => 3,
		'produto.4' => 9
	);
	$vendas = Array (
	    'produto.1' => 1,
	    'produto.3' => 2,
	);

$result = array_merge_recursive($estoque, $vendas);


foreach ($result as $key => $value )
{
	if( is_array( $value ) )
	{
		$array[ $key ] = ($value[0] - $value[1]);
	}
	else
	{
		$array[ $key ] = $value;
	}
}

 print_r( $array );