<?php

$arr = [
            [
                [
                    "nome"  => "Maria",
                    "idade" => 22
                ],
                [
                    "casas_alugadas" => "S",
                    "qtd" => 10
                ]
            ],
            [
                [
                    "nome" => "João",
                    "idade" => 28
                ],
                [
                    "casas_alugadas" => "N"
                ]
            ]
    ];

/* Percorre todos os índices */
$arr = array_filter($arr, function($item) {
  
    /**
     * Verifica se o índice `casas_alugadas` existe no
     * índice 1 e se o valor é diferente de "N"
     */
    return $item[1]["casas_alugadas"] != "N";
});

var_dump($arr);