<?php
$linhas = array('123|45|1234|101', '999|88|777|666', '123|45|1234|101');
foreach ($linhas as $linha)
	$arr[$linha] = NULL; // aqui se removem as linhas duplicadas
echo "*** LINHAS ***\n";
foreach ($arr as $key => $valor) { 
	echo $key . "\n"; // aqui se comprova o resultado final sem duplicatas
	$partes = explode ('|', $key);
	foreach ($partes as $parte) {
		$var[$parte] = NULL; // aqui se cria um array que resume todos os números sem duplicatas
	}
}
echo "*** CAMPOS ***\n";		
foreach ($var as $key => $valor)
	echo $key . "\n"; // aqui se comprova o resultado de todos os campos finais sem duplicatas