<?php
$matches = array(
"544828|01|2019|018",
"544829|09|2018|775",
"544825|05|2018|036",
"544822|10|2014|001",
"544828|11|18|279",
"544828|07|20|976",
"544828|08|20|725",
"544828|04|21|201"
);

foreach($matches as $key => $valor){
   $t_array =  explode("|", $valor); // quebra pela barra vertical "|"
   $mes = $t_array[1]; // pega o segundo valor da array (mês)
   $ano = (int) substr($t_array[2], -2); // pega os dois último caracteres do terceiro valor da array (ano) e converte em inteiro

   $ano_atual = (int) substr(date("Y"), -2); // pega o dois último caracteres do ano atual e converte em inteiro

   // faz as comparações:
   // se o ano for maior ou igual que o ano atual e o mês for maior ou igual que o mês atual
   // ou se o ano for maior que o atual
   if( ($ano >= $ano_atual && $mes >= date("m")) || $ano > $ano_atual ){
      $encontrada .= $valor."\n"; // imprime os valores
   }
}

echo $encontrada;