<?php

   $var = "123 456 789";
 
//errado não vai imprimir nada
echo str_replace($var," ","").PHP_EOL;

//substitui espaço por virgula
echo str_replace(" ",",",$var).PHP_EOL;

//substitui espaço por virgula mais espaço
echo str_replace(" ",", ",$var).PHP_EOL;