<?php
function removerValoresDuplicadas(&$array, $valor){
    $primeiroEncontrado = false;
    for ($i = 0; $i < count($array); ++$i){
        $chave = array_search($valor, $array[$i]);
        
        if ($chave !== false){
            if ($primeiroEncontrado === false){
                $primeiroEncontrado = true;
            }   
            else {
                $array[$i][$chave] = '';
            }
        }
    }
}

$dados = Array(
        Array("forn_nome_fantasia" => "FORNECEDOR TESTE",
              "class_nvl4_descricao" => "DESPESAS COM FRETES" ),
        Array("forn_nome_fantasia" => "DJ/ DESEO -SALA DE ESTAR",
              "class_nvl4_descricao" => "DESPESAS COM FRETES" )
    );


removerValoresDuplicadas($dados, "DESPESAS COM FRETES");
print_r($dados);