#Открываем файл
with open('your_file', 'r+') as f:
#читаем весь файл, заменяем
repl = f.read().replace("?", "?\n")
#идем в начало файла, дабы его весь переписать
f.seek(0)
#Записываем в файл
f.write(repl)
I9Ce0YLQutGA0YvQstCw0LXQvCDRhNCw0LnQuwp3aXRoIG9wZW4oJ3lvdXJfZmlsZScsICdyKycpIGFzIGY6Cgkj0YfQuNGC0LDQtdC8INCy0LXRgdGMINGE0LDQudC7LCDQt9Cw0LzQtdC90Y/QtdC8CglyZXBsID0gZi5yZWFkKCkucmVwbGFjZSgiPyIsICI/XG4iKQoJI9C40LTQtdC8INCyINC90LDRh9Cw0LvQviDRhNCw0LnQu9CwLCDQtNCw0LHRiyDQtdCz0L4g0LLQtdGB0Ywg0L/QtdGA0LXQv9C40YHQsNGC0YwKCWYuc2VlaygwKQoJI9CX0LDQv9C40YHRi9Cy0LDQtdC8INCyINGE0LDQudC7CglmLndyaXRlKHJlcGwp